A partire dagli anni Sessanta grazie agli archeologici si sono visti i primi resti di un anfiteatro e un muro di cinta,per poi passare alla parte principale della città.
La zona archeologica visibile è composta dal piccolo centro che rappresenta solo il 10% dei resti riportati alla luce.
Nella pagina delle foto e possibile avere un idea di come era composta.

I resti risalgono a circa duemila anni fà ma è attestato però che la città era già attiva nel IV secolo a.C. e che venne in seguito distrutta dai soldati di Annibale.
Fu però l'imperatore Federico II a garantirle un nuovo periodo di benessere che però lentamente, si esaurì fino a decretarne la morte.

Qui di seguito si potrà prendere nota delle tappe degli scavi con un pò di date:
nel 1962 furono avviati gli scavi sistematici di Herdonia da parte delle missione archeologica belga diretta dal prof. Joseph Mertens. A partire dal 1993 si è affiancata alla missione belga,un'equipe del Dipartimento di Studi classici e cristiani dell'università di Bari.

Herdonia è una delle più importanti e meglio note città antiche dell'Italia meridionale.La sua storia si sviluppa lungo l'arco di vari millenni,dalle prime tracce di età neolitica fino alla nascita dell'insediamento daunio, alla strutturazione della città romana fino alla sovrapposizione del villaggio medievale e all ' abbandono di età moderna. E' pertanto essenziale poter proseguire le ricerche sistematiche in questo centro, l'unico indagato continuativamente per oltre trent'anni in Puglia e che prossimamente sarà interessato dalla creazione di un importante parco archeologico.

Gli scavi sono condotti annualmente da équipe costituite da docenti, ricercatori, tecnici e studenti dell'Università di Bari, anche sotto forma di campi-scuola per la didattica archeologica sul campo. A partire dal 1994 partecipano allo scavo anche studenti di altre Università italiane e straniere.
Gli scavi sono realizzati secondo le più aggiornate metodologie stratigrafiche, in modo da studiare l'evoluzione del centro urbano a partire dalle fasi più antiche dell'insediamento daunio fino alle fasi dell'abbandono avvenuto nel XV secolo.