La moderna Ordona è una cittadina di circa 2500 abitanti ai margini del Tavoliere, sulle colline di fronte si estende l'antica Herdonia.
Abitata sin dall'epoca Neolitica, viene poi abbandonata, come gli altri villaggi fortificati del Tavoliere, per cause ancora sconosciute, fino alla tarda età del Bronzo ed a quella del Ferro.
Molto più densi i resti dal VII secolo in poi. Si tratta di un grande villaggio a carattere artigianale ed agricolo-pastorale, con raggruppamenti irregolari di case, tombe e campi, senza tracce di cinta muraria.

Dai tipi di ceramica presenti nei corredi funerari si nota un'espansione non solo verso ovest, fino alla Campania, ma anche verso est e le coste balcaniche, specie la Liburnia.
Quando, alla fine del VI secolo il commercio greco prende il sopravvento su quello liburnico nell'Adriatico, la Daunia si chiude in sé stessa, autonoma e ribelle ad ogni influsso esterno, almeno fino al IV secolo quando invece si inserisce sia nella civiltà apula ellenizzata, sia in quella italica.
Nascono ora concentrazioni urbanistiche, una delle quali darà origine alla futura città romana di Herdonia.

L' area in cui sorge questa città è al centro del primitivo abitato indigeno dauno e copre circa 20 ettari, delimitata prima da un aggere di terra e poi da una bella cinta muraria con fossato esterno.
"Intra murus" la sistemazione urbanistica è graduale.
Durante la seconda guerra punica si combatté duramente intorno ad Ordona, la città fu completamente saccheggiata e Tito Livio racconta che l' intera popolazione fu deportata a Turi e Metaponto.
L' abbandono però non durò a lungo e coraggiosamente si ricominciò la costruzione della città, tentando anche una prima monumentalizzazione, proseguita ed ampliata soprattutto dopo la costruzione della via Traiana, importante arteria che congiungeva Roma a Brindisi, passando per Herdonia.
Si costruiscono il Tempio Italico, l Basilica, il Foro circondato da Taberuse e da un Tempio prostilo, il Mercato coperto, le Terme, magnifiche ville a peristilio. Un acquedotto porta l'acqua potabile da Ascoli Satriano.
Purtroppo questo benessere e questo lusso saranno di breve durata e già alla fine del II secolo D.C. inizia il declino della vita cittadina che si trasferisce nelle campagne. Gli edifici pubblici cambiano funzione o sono abbandonati, ciò si accentua nel IV secolo, nonostante Ordona sia sede vescovile.
Tra il VI e il VIII secolo il sito sembra deserto, probabilmente disrutto nel 663 durante una spedizione bizantina contro i Longobardi.

Con il IX secolo la vita riprende lungo una stradella che dall'antico anfiteatro porta alla punta nord delle mura romane dove ora viene costruita una grande chiesa.
E' l' epoca in cui la Puglia entra a far parte dell'impero bizantino e la regione conosce una certa rinascita nonostante le continue lotte tra catapani bizantini e principi longobardi e le incursioni normanne e saracene.
Nel XIII secolo anche Ordona gode della predilezione di Federico II per la Puglia e la grande chiesa a nord dell' agglomerato è trasformata in castello: il CASTRUM DORDONE citato dai testi dell'epoca.

Poi, l'indebolimento del potere centrale favorisce i signori locali "i baroni". Lotte incessanti depauperano la regione che è sempre più sacrificato alle greggi transumanti. L'agricoltura ed il paese sorto intorno al castello vanno sparendo, il castello stesso viene distrutto nel 1489 da Ferdinando d'Aragona a causa di un complotto di baroni tenutovi.

E' la fine del vecchio sito. Il nuovo abitato sorgerà di fronte dove nel 1608 i Gesuiti costruiscono una "residenza rurale" intorno a cui verrano costruite poi le case per i coloni che il Re di Napoli fa trasferire nel 1774.